西南環境史研究所自2009年5月正式成立以來，堅持教學科研并重，以“教書育人、服務現實”為己任。目前研究所有專任在職教師兩人，兼職研究人員十余人。研究所教師相繼為歷史系開設專業選修課“中國環境史”，為全校本科生開設素質選修課“中國環境史”和“生態文明與綠色發展”；為碩士生開設“環境史概論”“中國環境史專題”“環境史文獻專題”“中國環境史的理論與實踐”課程；為博士生開設“中國史通論”“中國環境史專題”“環境史前沿問題研討”“環境史實踐研究”課程，形成了系統完備的教學模式和人才培養體系。

截至2020年7月，西南環境史研究所已招收全日制碩士研究生12屆共34人，其中畢業23人，在校攻讀碩士學位研究生11人；招收全日制博士研究生8屆共12人，其中畢業人數6人，在校攻讀博士學位研究生6人。已畢業碩博士研究生均已實現圓滿就業，就業率達100%。研究所培養的研究生先后獲國家獎學金10人次、省政府獎學金27人次，校級獎學金9人次，學業獎學金40人次，以及其他各種獎學金20余項；研究生論文2篇獲云南省優秀碩士學位論文，研究生參會論文獲獎5項。

研究所目前有環境史、醫療疾病史、生態文明、地方文獻整理與研究、災害史、景觀史、水利史等研究方向。2017年，周瓊教授領銜申報的2017年度國家社科基金重大項目“中國西南少數民族災害文化數據庫建設”獲準立項，2018年，耿金博士申報的2018年度國家社會科學基金青年項目“17—20世紀云南水田演變與生態景觀變遷研究”獲得立項，少數民族災害文化和景觀變遷研究亦是今后研究所的重點研究領域和方向之一。研究所一直踐行“走出書齋、走向田野”的理念，多次赴滇西和滇南開展“生態環境變遷與環境疾病”田野考察。2012年與復旦大學史地所聯合開展“西南山地環境變遷調查與研究”調查，開展調查活動數十次。自2015年以來，研究所開展生態文明課題調研3期20余人次，開展滇池口述環境史調查20余期，與地州院校合作建立環境史研究基地建2個。

2010年8月研究所承辦“西南災荒與社會變遷暨第七屆中國災害史”國際學術研討會，2014年8月承辦“全球化視野下的中國西南邊疆民族環境變遷”國際學術研討會，2016年8月承辦首屆云南大學“生態文明建設與區域模式”研究生暑期論壇，2016年12月承辦“屏障與安全：云南生態文明區域建設的理論與實踐”高端學術論壇，2017年12月，舉辦云南大學服務云南行動計劃“生態文明建設的云南模式研究”項目推進會暨西南環境史研究所工作座談會，2018年5月承辦“傳承與開拓：民國時期西南環境史史料整理與研究”學術研討會，2018年6月，舉辦2017年度國家社會科學基金重大項目“中國西南少數民族災害文化數據庫建設”（項目批準號：17ZDA158）開題論證會，2018年7月，承辦“轉型與創新：云南生態文明建設與區域模式研究”暨第二屆云南大學生態文明研究生暑期論壇，2018年9月與貴州原生態民族文化研究中心共同舉辦第八屆原生態民族文化高峰論壇“口述環境史：理論、方法與實踐”學術會議，2018年12月，承辦云南省第十二屆社會科學學術年會暨慶祝改革開放40周年生態文明建設專場“口述、圖像與環境變遷：滇池生態文明建設實踐”學術研討會，開展生態文明專家訪談10余場，有序推動環境史和生態文明建設的研究，為云南及全國的環境保護營造了良好的學術氛圍。

為了擴大學術交流，研究所每學期于周五舉行“讀書交流會”，創辦學術內刊《西南環境史研究》（已發行5期）和《西南環境史研究簡訊》（發行20期），與多家期刊合作建立“環境史研究”專欄。創辦西南環境史研究網（www.xnhjs.ynu.edu.cn）、生態文明建設與研究網（www.yneccr.ynu.edu.cn），以及相配套的微信公眾平臺。